Dem Buchstaben für das Kapitel folgt eine zweistellige Zahl, die die Diagnosegruppe repräsentiert und eine Spezifikation durch mindestens eine Ziffer nach einem Punkt schließt den Kode ab.
Die ersten beiden Kapitel mit den Kennzeichen „A“ und „B“ beinhalten Infektionen, die folgenden Kapitel „C“ und „D“ verschlüsseln die Neubildungen. In den Kapiteln „E bis P“ sind pathologische Zustände nach den verschiedenen Organsystemen sortiert. Im Kapitel „Q“ sind die angeborenen Erkrankungen klassifiziert. Das Kapitel „R“ listet Symptome auf; „S und V“ gliedert externe Krankheitsursachen und das „Z“-Kapitel fasst besondere Konstellationen zusammen, die zur Inanspruchnahme medizinischer Leistungen führen, die keinem der anderen Kapitel zugeordnet werden können (z. B. Nachsorge oder Verdachtsfälle). Im abschließenden „U“-Kapitel sind Schlüsselnummern für besondere Zwecke (z. B. HIV-Stadieneinteilung, Funktionseinschränkungen, Resistenzen von Mikroorganismen) aufgeführt.
Der ICD-10-GM klassifiziert Diagnosen vorrangig nach ihrer Ätiologie. Bei einigen Diagnosen ist es jedoch erforderlich, zusätzlich Manifestationen zu kodieren, die nicht im Kode für die Ätiologie enthalten sind. Dieses kombinierte Ordnungsprinzip wird durch das sogenannte „Kreuz-Stern-System“ der ICD-10 ermöglicht. Zuerst wird die Ätiologie (d. h. der Primärkode mit Kreuz †), dann die Manifestation (= Sekundärkode mit Stern *) kodiert. Als Kreuzkodes können alle ICD-10-Kodes ohne Stern (*)- oder Ausrufezeichen (!) verwendet werden. Stern- und Ausrufezeichen-Kodes jedoch sollen nur mit korrespondierenden Kodes verwendet werden und können keine Hauptdiagnose darstellen. Ausrufezeichen-Kodes (!) spezifizieren eine Primärdiagnose, um beispielweise ihre erhöhte Komplexität zu verdeutlichen. Sie können als Sekundärkodes ebenfalls wie Sternkodes nur zusätzlich zu einem Kode ohne Stern und ohne Ausrufezeichen herangezogen werden.
Der "Operationen- und Prozedurenschlüssel" (OPS, früher OPS-301) wird jährlich vom DIMDI im Auftrag des Bundesministeriums für Gesundheit erstellt. Seit 1996 wurde er zunächst nur zur Verschlüsselung operativer Eingriffe benutzt. Seit 2004 werden allgemein medizinische Prozeduren im Krankenhaus mittels dieser Klassifikation verschlüsselt. Es handelt sich hierbei sowohl um diagnostische, operative als auch um nicht-operative Prozeduren. Ab 2005 wird diese Klassifikation auch zur Kodierung von medizinischen Leistungen im Bereich des ambulanten Operierens angewendet. Seit 2008 sind im OPS-Katalog auch Kodes für die Applikation von Medikamenten (6-00) enthalten.
Auch die OPS-Kodes sind dreiteilig.