Mit den Mitteln aus dem Innovationsfonds werden seit 2016 neue Versorgungsformen und Versorgungsforschung gefördert. In den Jahren 2016 bis 2019 standen dazu jährlich 300 Mio. Euro zur Verfügung. Mit dem Digitale-Versorgung-Gesetz wurde der Innovationsfonds bis Ende des Jahres 2024 verlängert und das Fördervolumen ab 2020 auf jährlich 200 Mio. Euro reduziert. Der Innovationsausschuss veröffentlicht Förderbekanntmachungen, fällt Förderentscheidungen und spricht bei abgeschlossenen Projekten Empfehlungen aus. Der GKV-Spitzenverband ist Mitglied im Innovationsausschuss, der beim Gemeinsamen Bundesausschuss angesiedelt ist.
Jedes Jahr reichen Krankenkassen, Ärzteverbünde, Krankenhäuser, Universitäten und Forschungsinstitute zahlreiche Förderanträge beim Innovationsausschuss ein. Dieser bewertet die Förderanträge nach den Kriterien, die in der jeweiligen Förderbekanntmachung genannt werden. Expertinnen und Experten aus dem Expertenpool unterstützen den Innovationsausschuss mit ihrem wissenschaftlichen und versorgungspraktischen Wissen bei der Förderentscheidung. Ausgewählte Projekte können für bis zu 4 Jahre gefördert werden. Anschließend werden die Erkenntnisse in Form von Berichten auf der Homepage des Innovationsfonds veröffentlicht.