Zusätzlich zur Abrechnung der Krankenhausbehandlung über die Fallpauschalen kann das Krankenhaus Zu- und Abschläge abrechnen, die in der Regel jährlich neu vereinbart werden. Die wichtigsten sind die Zuschläge zur Finanzierung des DRG-Systems, des Gemeinsamen Bundesausschusses sowie der Qualitätssicherung.
Des Weiteren sind die Krankenkassen verpflichtet, bei Auffälligkeiten zur Prüfung der ordnungsgemäßen Abrechnung eine gutachtliche Stellungnahme des Medizinischen Dienstes der Krankenversicherung einzuholen. Mit dem MDK-Reformgesetz wurde ab dem Jahr 2020 ein System quartalsbezogener Prüfquoten für die Prüfung von Schlussrechnungen für vollstationäre Krankenhausbehandlungen eingeführt. Der GKV-Spitzenverband ist gesetzlich verpflichtet, quartalsweise und jährlich bestimmte statistische Auswertungen zur Umsetzung des Prüfquotensystems zu veröffentlichen.
Nach § 108 zugelassene Krankenhäuser sind verpflichtet, den Krankenkassen bei Krankenhausbehandlung die Angaben nach § 301 SGB V im Wege elektronischer Datenübertragung oder maschinell verwertbar auf Datenträgern zu Abrechnungszwecken zu übermitteln. Das Nähere über Form und Inhalt sowie zum Verfahren und zu den Zeitabständen der Übermittlung vereinbart der GKV-Spitzenverband mit der Deutschen Krankenhausgesellschaft.